Systematic name | CopciAB_1000428 | Strain | Coprinopsis cinerea Okayama 7 |
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Standard name | - | Synonyms | |
Uniprot id | Functional description | Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase | |
Location | scaffold_2:2208519..2210073 | Strand | + |
Gene length (nt) | 1555 | Transcript length (nt) | 1346 |
CDS length (nt) | 1242 | Protein length (aa) | 413 |
Strain name | Gene / Protein name |
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Strain name | Gene / Protein name | Pident | E-value | Bits |
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Hypsizygus marmoreus strain 51987-8 | Hypma_RDB21247 | 60.9 | 1.105E-162 | 512 |
Lentinula edodes W1-26 v1.0 | Lentinedodes1_17337 | 61.2 | 3.475E-156 | 493 |
Flammulina velutipes | Flave_chr09AA00010 | 59 | 2.442E-150 | 476 |
Agaricus bisporus var bisporus (H97) | Agabi_varbisH97_2_63127 | 60.5 | 4.34E-150 | 475 |
Agaricus bisporus var. burnettii JB137-S8 | Agabi_varbur_1_97848 | 58 | 2.421E-148 | 470 |
Auricularia subglabra | Aurde3_1_1205415 | 49.8 | 8.424E-113 | 368 |
Grifola frondosa | Grifr_OBZ75715 | 50.8 | 7.782E-85 | 286 |
Lentinula edodes B17 | Lened_B_1_1_14780 | 59.4 | 7.378E-71 | 245 |
Name | Summary | Attribution | Assay type | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Carbon metabolism | Transcriptional changes along alternative morphogenetic paths of C. cinerea | Xie et al. 2020 | RNA-Seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Complex carbon sources 1 (long incubation) | Expression profiling on diverse complex carbon sources. | Hegedus et al. | RNA-Seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Coprinopsis challenged with bacteria | Transcriptional response to Bacillus subtilis and Escherichia coli. | Kombrink et al. 2018 | RNA-Seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Early development 1 | Time series expression profiling of basidiospore and oidium germination | Hegedus et al. | QuantSeq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Early development 2 | Time series expression profiling of mycelial growth, light induction and fruiting body initiation. | Hegedus et al. | QuantSeq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Fruiting body development | RNA-Seq analysis of fruiting body development | Krizsan et al. 2019 | RNA-Seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Nitrogen sources (12h incubation) | Expression profiling on diverse nitrogen sources. | Hegedus et al. | RNA-Seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Plant biomass (12h incubation) | Expression profiling on diverse plant biomasses as carbon sources. | Hegedus et al. | RNA-Seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Simple and complex carbon and nitrogen sources | Expression profiling on diverse complex carbon and nitrogen sources. | Hegedus et al. | RNA-Seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Simple and complex carbon sources (12h incubation) | Expression profiling on diverse complex carbon sources. | Hegedus et al. | RNA-Seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Starvation induced by water agar transfer | Expression profiling on starvation induced by transfer to water agar | Hegedus et al. | QuantSeq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Straw time series | Time series expression profiling on straw as a carbon source | Hegedus et al. | RNA-Seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Stress conditions 1 | Expression profiling under various stress conditions | Hegedus et al. | QuantSeq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Stress conditions 2 | Expression profiling under various stress conditions | Hegedus et al. | QuantSeq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Systematic name | - |
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Protein id | CopciAB_1000428.T0 |
Description | Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase |
Analysis | Signature accession | Signature description | InterPro Accession | Start | End |
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Pfam | PF10436 | Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase | IPR018955 | 42 | 200 |
Pfam | PF02518 | Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase | IPR003594 | 245 | 402 |
Prediction | Start | End | Score |
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No records |
Domain n | Start | End | Length |
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No records |
Accession | Description |
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IPR036784 | Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily |
IPR039028 | PDK/BCKDK protein kinase |
IPR003594 | Histidine kinase/HSP90-like ATPase |
IPR036890 | Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily |
IPR018955 | Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal |
Go id | Term | Ontology |
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GO:0004672 | protein kinase activity | MF |
KEGG Orthology |
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No records |
COG category | Description |
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T | Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase |
Class | Family | Subfamily |
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No records |
Group |
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No records |
Arrow shows the origin of gene family containing CopciAB_1000428.
No data
Sequence id | CopciAB_1000428.T0 |
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Sequence |
>CopciAB_1000428.T0 MLLRHALRPLARRRWYSTKFQQPNSAEVTALLAQYGTAAPRPLNLSQLLSFGRPVTPDSVLSSVSYVLYELPRRL ATRVRYLESLPFIVGTNPYVAKTLKAFREGFWVLATHPPVTNLEENEKFVQLLSDLVQRHANDIPTMAKGFQESA KYMSFEDINAFLDGAIRNRISVRLIAEQHIAVTRALHDPPQDGKDVGVIDTRCSPKEMVDVCGSFVGDLCRATLG SAPEIVVDGYPEATFAYIPVHLEYVLTELLKNSFRATVEHHARSKERGSLPPIQITLSPPPASSHSGHNVDRPNF FSIRIRDQGGGVSRQHLERIFSYAFTTVKTGDDEGPDWDTSDSREDEPFLGVMTQRTLQTGLGTIAGLGYGLPMS KLYTKYFGGSLDLISLEGWGSDVYIKLRCLDEAGDSNI |
Length | 413 |
Sequence id | CopciAB_1000428.T0 |
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Sequence |
>CopciAB_1000428.T0 ATGCTACTACGACATGCTCTCAGGCCATTAGCTCGACGACGATGGTATAGTACTAAATTCCAACAACCAAACTCT GCTGAAGTCACTGCTCTTCTGGCGCAATATGGGACTGCTGCTCCTCGACCTCTGAATCTCTCCCAGTTACTCTCG TTTGGCCGACCAGTAACACCAGACTCGGTACTCTCTTCTGTCTCCTATGTCCTCTACGAGCTGCCGAGGAGGCTG GCTACCCGTGTGCGGTACCTAGAGTCTCTACCGTTCATTGTGGGTACGAACCCATATGTGGCCAAGACGCTGAAG GCGTTCAGGGAGGGCTTTTGGGTGCTGGCGACGCACCCACCTGTGACGAACCTCGAGGAGAATGAAAAGTTTGTG CAGCTGCTTTCGGATCTTGTCCAGAGGCATGCTAATGATATACCTACCATGGCGAAAGGGTTCCAAGAATCGGCG AAATACATGTCGTTTGAAGATATCAATGCCTTCTTGGACGGCGCCATCCGCAACCGCATTTCTGTCCGACTCATA GCTGAACAACACATCGCTGTGACAAGGGCGTTACACGATCCACCACAGGACGGGAAGGATGTGGGTGTAATTGAC ACGAGGTGTAGTCCGAAGGAGATGGTGGATGTGTGCGGGTCGTTTGTGGGTGATTTGTGTAGGGCGACGTTGGGT AGCGCGCCCGAGATTGTGGTGGACGGCTATCCTGAAGCTACTTTTGCCTATATTCCGGTTCATTTGGAATATGTC CTCACGGAGCTACTCAAGAACTCGTTTAGAGCGACGGTGGAACATCATGCGCGCTCGAAGGAGCGCGGATCTCTC CCACCTATCCAGATTACCCTATCTCCTCCCCCTGCCTCCTCTCATTCTGGACACAACGTCGACCGCCCCAACTTC TTCTCAATCCGCATACGAGATCAGGGTGGGGGAGTCTCAAGACAGCATTTGGAAAGGATATTTTCGTATGCGTTT ACGACGGTCAAGACGGGTGATGATGAGGGTCCTGATTGGGATACGTCGGATAGCAGAGAGGATGAGCCATTCTTG GGTGTCATGACACAGAGGACGTTGCAAACTGGCCTGGGCACCATCGCTGGTCTGGGGTATGGGTTGCCCATGAGC AAATTGTATACCAAGTATTTCGGTGGCTCATTAGACCTTATCTCGCTTGAAGGATGGGGCTCTGACGTCTACATC AAGCTGCGCTGCTTGGACGAAGCTGGAGATTCGAATATTTGA |
Length | 1242 |
Sequence id | CopciAB_1000428.T0 |
---|---|
Sequence |
>CopciAB_1000428.T0 GCCTTTGCCATGCTACTACGACATGCTCTCAGGCCATTAGCTCGACGACGATGGTATAGTACTAAATTCCAACAA CCAAACTCTGCTGAAGTCACTGCTCTTCTGGCGCAATATGGGACTGCTGCTCCTCGACCTCTGAATCTCTCCCAG TTACTCTCGTTTGGCCGACCAGTAACACCAGACTCGGTACTCTCTTCTGTCTCCTATGTCCTCTACGAGCTGCCG AGGAGGCTGGCTACCCGTGTGCGGTACCTAGAGTCTCTACCGTTCATTGTGGGTACGAACCCATATGTGGCCAAG ACGCTGAAGGCGTTCAGGGAGGGCTTTTGGGTGCTGGCGACGCACCCACCTGTGACGAACCTCGAGGAGAATGAA AAGTTTGTGCAGCTGCTTTCGGATCTTGTCCAGAGGCATGCTAATGATATACCTACCATGGCGAAAGGGTTCCAA GAATCGGCGAAATACATGTCGTTTGAAGATATCAATGCCTTCTTGGACGGCGCCATCCGCAACCGCATTTCTGTC CGACTCATAGCTGAACAACACATCGCTGTGACAAGGGCGTTACACGATCCACCACAGGACGGGAAGGATGTGGGT GTAATTGACACGAGGTGTAGTCCGAAGGAGATGGTGGATGTGTGCGGGTCGTTTGTGGGTGATTTGTGTAGGGCG ACGTTGGGTAGCGCGCCCGAGATTGTGGTGGACGGCTATCCTGAAGCTACTTTTGCCTATATTCCGGTTCATTTG GAATATGTCCTCACGGAGCTACTCAAGAACTCGTTTAGAGCGACGGTGGAACATCATGCGCGCTCGAAGGAGCGC GGATCTCTCCCACCTATCCAGATTACCCTATCTCCTCCCCCTGCCTCCTCTCATTCTGGACACAACGTCGACCGC CCCAACTTCTTCTCAATCCGCATACGAGATCAGGGTGGGGGAGTCTCAAGACAGCATTTGGAAAGGATATTTTCG TATGCGTTTACGACGGTCAAGACGGGTGATGATGAGGGTCCTGATTGGGATACGTCGGATAGCAGAGAGGATGAG CCATTCTTGGGTGTCATGACACAGAGGACGTTGCAAACTGGCCTGGGCACCATCGCTGGTCTGGGGTATGGGTTG CCCATGAGCAAATTGTATACCAAGTATTTCGGTGGCTCATTAGACCTTATCTCGCTTGAAGGATGGGGCTCTGAC GTCTACATCAAGCTGCGCTGCTTGGACGAAGCTGGAGATTCGAATATTTGACCTCATGAAGCAATTCATTGTCTC GCTCAAACAAAGCTGCATCAGATTGTGTCCGGGAAAGAGTCGAGCCAAGTCATTAATTGTAATTTGTCTTG |
Length | 1346 |
Sequence id | CopciAB_1000428.T0 |
---|---|
Sequence |
>CopciAB_1000428.T0 GCCTTTGCCATGCTACTACGACATGCTCTCAGGCCATTAGCTCGACGACGATGGTATAGTACTAAATTCCAACAA CCAAACTCTGCTGAAGTCACTGCTCTTCTGGCGCAATATGGGACTGCTGCTCCTCGACCTCTGAATCTCTCCCAG TTACTCTCGTTTGGCCGACCAGTAACACCAGACTCGGTACTCTCTTCTGTCTCCTATGTCCTCTACGAGCTGCCG AGGAGGCTGGCTACCCGTGTGCGGTACCTAGAGTCTCTACCGTTCATTGTGGGTACGAACCCATATGTGGCCAAG ACGCTGAAGGCGTTCAGGGAGGGCTTTTGGGTGCTGGCGACGCACCCACCTGTGACGAACCTCGAGGAGAATGAA AAGTTTGTGCAGCTGCTTTCGGATCTTGTCCAGAGGCATGCTAATGATATACCTACCATGGCGAAAGGGTATTGT CCTCTCTCCTTCTACTTTGACCACTTCTAATGACATCTCTTATATAGGTTCCAAGAATCGGCGAAATACATGTCG TTTGAAGATATCAATGCCTTCTTGGACGGCGCCATCCGCAACCGCATTTCTGTCCGACTCATAGCTGAACAACAC ATCGCTGTGACAAGGGCGTTACACGATCCACCACAGGACGGGAAGGATGTGGGTGTAATTGACACGAGGTGTAGT CCGAAGGAGATGGTGGATGTGTGCGGGTCGTTTGTGGGTGATTTGTGTAGGGCGACGTTGGGTAGCGCGCCCGAG ATTGTGGTGGACGGCTATCCTGAAGCTACTTTTGCGTGAGTTATCTCCTTAGCTTTGACCTTGGAACGGATCTGA TGAAGAGATAGCTATATTCCGGTTCATTTGGAATATGTCCTCACGGAGCTACTCAAGAACTCGTTTAGAGCGACG GTGGAACATCATGCGCGCTCGAAGGAGCGCGGATCTCTCCCACCTATCCAGATTACCCTATCTCCTCCCCCTGCC TCCTCTCATTCTGGACACAACGTCGACCGCCCCAACTTCTTCTCAATCCGCATACGAGATCAGGGTGGGGGAGTC TCAAGACAGCATTTGGAAAGGATATTTTCGTATGCGTTTACGACGGTCAAGACGGGTGATGATGAGGGTCCTGAT TGGGATACGTCGGATAGCAGAGAGGATGAGCCATTCTTGGGTGTCATGACACAGAGGACGTTGCAAACTGGCCTG GGCACCATCGCTGGTCTGGGGTATGGGTTGCCCATGAGCAAATTGTATACCAAGTGAGTTTCAATGTACCCATTG TTGGTGACATTGCTCACGCGCTGTATCTAGGTATTTCGGTGGCTCATTAGACCTTATCTCGCTTGAAGGATGGGG TATGTCTTCCCAGCTGCCAATCCCGTCCGCCACTAACCAATGACTCCGAAGGCTCTGACGTCTACATCAAGCTGC GCTGCTTGGACGAAGCTGGAGATTCGAATATTTGACCTCATGAAGCAATTCATTGTCTCGCTCAAACAAAGCTGC ATCAGATTGTGTCCGGGAAAGAGTCGAGCCAAGTCATTAATTGTAATTTGTCTTG |
Length | 1555 |